عملکرد صحیح و قابل قبول برای آزمایشگاه ها، جز با آگاهی کامل کارکنان از اهمیت آزمایش ها، انجام صحیح آزمایش ها، آشنایی با برنامه تضمین کیفیت، لزوم مستند سازی و اجرای برنامه های کنترل کیفیت میسر نمی گردد. کنترل کیفی در آزمایشگاه بدین معنی است که پاسخ های گزارش شده علاوه بر سرعت در انجام، کاملاً صحیح (Accuracy ) بوده و در تکرار‌های مجدد تغییر چشمگیری مشاهده نشود، مگر آنکه تغییرات مربوط به شرایط بیمار باشند. یعنی پاسخ‌ها از نظر تکرار پذیری یا دقت ( precession ) کاملاً قابل اعتماد باشند. به عبارت دیگر، منظور از کنترل کیفی نظارت بر کیفیت کاری، اطمینان از صحت آزمایش های انجام شده و به حداقل رساندن خطاهای سیستماتیک است. به علاوه فرآیندهای کنترل کیفی، دقت و تکرار پذیری پاسخ های آزمایشگاه را تضمین می کند.
کنترل کیفی در آزمایشگاه خون شناسی برای اطمینان از قابل اعتماد بودن نتیجه های آزمایش ها انجام می شود و ما را قادر می سازد تا به صحت و دقت نتایج پی ببریم. آزمایشگاه برای کنترل کیفیت دستگاه‌های شمارنده سلولی در بخش خون شناسی باید دستورالعمل مکتوبی داشته باشد و سوابق انجام برنامه‌های کیفی نیز به نحو مقتضی نگهداری شود. تمامی آزمایشگاه ها باید جهت تضمین صحت و دقت نتایج آزمایش‌های خود از برنامه‌های تضمین کیفیت استفاده نمایند.

به توصیه سازمان جهانی سلامت (WHO) بررسی نتایج آزمایش‌های حاصل از دستگاه های شمارنده سلولی و مقایسه و مطابقت آن ها با مشاهده میکروسکوپی گستره‌های خونی مربوطه و یافته‌های بالینی بیمار، باید از برنامه‌های دائمی کنترل کیفیت آزمایشگاه خون شناسی باشد. به این ترتیب هر گونه نتیجه غیر قابل انتظار از دستگاه، نظیر لکوسیتوز، لکوپنی، ترومبوسیتونی، هموگلوبین خیلی پایین یا بالا و اندیکس‌های غیر طبیعی باید پیش از گزارش با مشاهده گسترش خون محیطی یا بررسی وضعیت بالینی و یا سابقه بیمار تایید شود.
سه دسته از مواد ورودی به دستگاه های شمارنده سلولی خون شناسی که قادرند صحت عملکرد دستگاه را تحت تاثیر قرار دهند، عبارتند از: محلول های رقیق کننده، معرف های لیز کننده و نمونه های بیماران. در آزمایشگاه های خون شناسی باید سیستم هایی برای کنترل مداوم این مواد ورودی وجود داشته باشد. همچنین باید توجه داشت که هر گونه نقص و تغییر احتمالی در عملکرد دستگاه شمارنده ممکن است پاسخ های حاصله را به خارج از محدوده مورد انتظار سوق دهد. در صورت نقص در دستگاه، حتی با بکار گیری سطوح و یا ویال های دیگر ماده کنترلی، باز هم پاسخ ها خارج از محدوده خواهند بود.
یک برنامه کنترل کیفی شامل کنترل کیفی داخلی و کنترل کیفی خارجی است. کنترل کیفی داخلی بر پایه نظارت بر روش های آزمایش های خون شناسی می باشد که در داخل آزمایشگاه انجام می گیرد. کنترل کیفی خارجی با ارزیابی آزمایشگاه توسط یک منبع خارجی ( آزمایشگاه رفرانس ) انجام می شود.
در موازات با تکامل دستگاه های شمارنده سلولی، افزایش سطح آگاهی کارشناسان بخش خون شناسی نسبت به محدودیت ها و قابلیت های این دستگاه ها و نیز آشنایی با عواملی که ممکن است عملکرد صحیح آن ها را تحت تاثیر قرار دهند، از اهمیت ویژهای برخوردار است. با بکار گیری صحیح و آگاهانه قابلیت های این دستگاه ها و بررسی نمونه هایی که توسط دستگاه هشدار داده می سود، می توان به پاسخ های آزمایشگاه اعتبار بخشید.